رفض بطريرك الكنيسة القبطية بالوكالة الأنبا باخوميوس مطالبة مفكرين أقباط بالنص على حق أجهزة الدولة في فرض رقابة على ماليات الكنيسة الأرثوذكسية القبطية في الدستور الجديد أسوة بما سيتم عمله مع مؤسسات الجيش الاقتصادية وبما يتم فعليًا مع مؤسستي الأزهر والأوقاف الدينية.

واعتبر باخوميوس أن رقابة الدولة على موارد الكنيسة المالية بمثابة "اضطهاد صريح للأقباط" باعتبار أن التبرعات التي ترد للكنيسة "أموال خاصة" لا يجب أن تخضع لهذه الرقابة.

في المقابل، قال المفكر القبطي وعضو البرلمان جمال أسعد ان "إخضاع القوات المسلحة لدفع ضريبة يقتضي بالضرورة دفع الكنيسة لضرائب على مشروعاتها الاستثمارية بالأديرة".

 وأضاف أن "الكنيسة تمتلك قلاعًا صناعية داخل الأديرة وهي مشروعات اقتصادية علي أرض مصر يجب أن تخضع لرقابة الجهات المعنية وأن يؤدي القائمون عليها الضرائب المقررة".